Der Primararzt leitet die Abteilung - ist dann der Sekundararzt sein Stellvertreter?

Der Begriff Sekundararzt hat sich wohl historisch folgendermaßen entwickelt. Früher absolvierte man einen Turnus, der eine 3jährige definierte Rotation über mehrere Fächer bedeutete und am Ende war man Arzt für Allgemedizin (EU-weit als Facharzt für Allgemeinmedizin anerkannt). Mit dem Turnus konnte man dann in die eigentliche Ausbildung einsteigen. Man nennt das Arzt in Ausbildung zum Facharzt und der Ausbildungsarzt war dann der Sekundararzt, der bereits selbständig ärztlich handeln durfte, d.h. auch Dienste in eigener Verantwortung leisten durfte. Daraus haben sich 2 konträre Auslegungen entwickelt, die man heute findet: 
Sekundararzt = Ausbildungsarzt
In manchen Regionen wird der Sekundararzt als Ausbildungsarzt bezeichnet; dabei wird oft nicht unterschieden, ob er sich zum Allgemeinmediziner oder für ein anderes Fach ausbilden lässt. In dieser Variante wurde der bisherige Begriff Sekundararzt nach unten auf alle Ausbidungsärzte erweitert, wobei dieser nur unter Aufsicht arbeiten darf.
Sekundararzt = fertiger Allgemeinmediziner, der genau keine weitere Ausbildung anstrebt
Dieser Sekundararzt ist praktisch auf der Sekundarstufe stehen geblieben und wird in der Regel kein Primararzt mehr. Sekundarärzte, also hier Allgemeinmediziner, werden oft als Stationsärzte eingesetzt, da diese ja selbständig, ärztlich tätig werden dürfen. In dieser Variante wurde der bisherige Begriff Sekundararzt nach oben auf die fertigen Allgemeinmediziner eingeschränkt.
Bei der Stellenausschreibung zeigt die geforderte, fertige Allgemeinmedizinausbildung, wer genau benötigt wird.